Cypher備忘録② nodeのnameのコツ

Neo4jでnodeのnameは特にルールはないが、Neo4j desktopでGraph表示させる際に、「Median_OS」と「Median OS」だと微妙に違いがある。

「Median_OS」だと円を小さくすると文字が切れてしまうが、「Median OS」だとスペースの部分で折り返してすべて表示してくれるのだ。

なんでかは知らない。

Cypher 備忘録① label も name もない id のみのノードの消し方

Neo4j Desktopで遊び始めました。

そんな中、label も name もない id のみのノードを間違えて作成してしまい、消せずにもがいていました。

ネットで探しても意外と見つからなかったというか、答えはNeo4j公式のCypher manualにあったのですが、説明が分かりずらかったので、備忘録としてここに残します。

 

公式マニュアルには id でノードをマッチさせる方法は下記のようにせよ。とあるのですが、id番号どこだよって迷子になったのですが、結局 0 となっているところがノード番号でした。

MATCH (n)
WHERE id(n)= 0
RETURN n

 なので、idが15のノードをマッチさせたい場合、

MATCH (n)
WHERE id(n)= 15
RETURN n

とすればいいわけです。

なのでidで該当するノードを消したい場合は、

MATCH (n)
WHERE id(n)= 15
DELETE n

とすれば消せるわけです。

ただしrelationが残っている場合は消せないので、その場合はrelationを先に消してあげればOKです。

インターフェロンとがん①

インターフェロンは1954年に東京大学伝染病研究所に所属していた長野泰一と小島保彦により発見・報告された。両名はウサギの皮内に天然痘不活化ウイルスを接種する実験結果からウイルス感染組織内には、干渉能のあるウイルス粒子、ウイルス抗原、抗ウイルス抗体とは別に、ウイルス感染を抑制する液性成分が含まれていると結論し、その成分をウイルス抑制因子(inhibitory factor)と名付けた。

1957年に別のグループであるA. IsaacsとJ. Lindenman (National Institue of Medical Research)が、ニワトリの胚に熱不活化処理したインフルエンザウイルスを投与させると、細胞から産生されるタンパク質がその場所でほかのウイルスの増殖を抑制することを見出し、ウイルス干渉(viral interference)を誘導するそのタンパク質をIFNsと名付けた。日本国外では、この1957年の報告を最初の発見としていることが多い。

(上記2報は下記リンク先より確認できる。)

http://www.pharm.kyoto-u.ac.jp/bisei/NaganoKojima.html

当時は、ウイルス感染や悪性腫瘍にも効くともてはやされたと長野先生の著書「インターフェロンとは何か」にも記載されている。

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ちなみに、1980年のTIMEでも特集され表紙を飾っているようだ。

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インターフェロンとは何か」は下記のまえがきから始まる。

よい基礎医学者は強靭な観察力と透徹した論理を持っているが、胸の奥底には病む人の苦しみ、悲しみ、死の恐怖を、ともに苦しみ、怖れる心を持っている。

その温かい心は信仰に根ざしている場合もあり、倫理に支えられている場合もあるだろうが、ごくありきたりの人情にほかならないことの方が多い。日本の中世の唄に、

ただ人は

情あれ

あさがおの

花の上なる

露の世に

というのがあるが、これはわれわれ日本人にとってはごく自然な思いである。この柔和な心情と、鋼鉄のような実証精神とが結びついて、医学の研究は営まれている。

研究者自身は、試験管や実験用動物に囲まれて研究に没頭しているのは専ら生物学的あるいは物理化学的興味に駆り立てられてのことだと日常思っているが、心の底には病む人への思いが沈んでいる。自ら意識しないだけである。

医学の進歩は、このような思いをもった幾多の研究者たちの努力の上になりたっていることを深く感じさせる一文である。

 

次回は「インターフェロンとがん②」ではインターフェロンとがんの現状をまとめていきたいと思う。

オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム

小規模遺伝子パネルでコンパニオン診断のみでの使用となっているオンコマインですが、以下のような46遺伝子が希望すれば見れるようです。ただし現時点ではプロファイリング検査としては使えないため、コンパニオン部分である肺癌対象であるEGFR, ALK, ROS1, BRAF以外の結果をもとに薬剤は使えません。結果を見ることができるのも医師まで、患者には返されないようです。

コンパニオン診断のEGFRも以前は、Common mutationしか結果が返ってこないため問題視されていましたが、2019年7月12日付のプレスリリースをみると今は結果が返ってくるようです。

 

オンコマイン Dx Target Test マルチ CDx システムのまれなEGFR遺伝子変異(uncommon mutation)に関する取扱いについて

https://www.haigan.gr.jp/uploads/files/%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%83%B3_EGFR%20uncommon%20mutation%E5%8F%96%E6%89%B1%E3%81%84%E3%83%AC%E3%82%BF%E3%83%BC_20190712_%E7%A4%BE%E5%8D%B0_r%281%29.pdf

 

  遺伝子変異 遺伝子融合
ABL1  
AKT1  
ALK
AR  
AXL  
BRAF
CDK4  
CTNNB1  
DDR2  
EGFR  
ERBB2
ERBB3  
ERBB4  
ERG  
ESR1  
ETV1  
ETV4  
ETV5  
FGFR1  
FGFR2
FGFR3
GNA11  
GNAQ  
HRAS  
IDH1  
IDH2  
JAK1  
JAK2  
JAK3  
KIT  
MAR2K1  
MAR2K2  
MET
MTOR  
NRAS  
NTRK1  
NTRK2  
NTRK3  
PDGFRA
PIK3CA  
PPARG  
RAF1
RET
ROS1
SMO  

FoudationONEとNCCオンコパネルの検査対象遺伝子

日本でプロファイリング検査として承認されている

FoundationOne CDx

および

OncoGuide™ NCCオンコパネルシステム

で検査できる遺伝子をまとめました。

FoundationONEはこれらに加え、TMBおよびMSIが調べられます。

FoundationOne CDx  

OncoGuide™

NCCオンコパネルシステム

塩基置換、挿入/欠失、及びコピー数異常(全エクソン 遺伝子融合 遺伝子変異、増幅 遺伝子融合
ABL1 ALK イントロン18,19 ABL1 AKT2
ACVR1B BCL2 3’UTR ACTN4 ALK
AKT1 BCR イントロン8,13,14 AKT1 BRAF
AKT2 BRAF イントロン7-10 AKT2 ERBB4
AKT3 BRCA1 イントロン2,7,8,12,16,19,20 AKT3 FGFR2
ALK BRCA2 イントロン2 ALK FGFR3
ALOX12B CD74 イントロン6-8 APC NRG1
AMER1 EGFR イントロン7,15,24-27 ARAF NTRK1
APC ETV4 イントロン8 ARID1A NTRK2
AR ETV5 イントロン6,7 ARID2 PDGFRA
ARAF ETV6 イントロン5,6 ATM RET
ARFRP1 EWSR1 イントロン7-13 AXIN1 ROS1
ARID1A EZR イントロン9-11 AXL  
ASXL1 FGFR1 イントロン1,5,17 BAP1  
ATM FGFR2 イントロン1,17 BARD1  
ATR FGFR3 イントロン17 BCL2L11/BIM  
ATRX KIT イントロン16 BRAF  
AURKA KMT2A(MLL) イントロン6-11 BRCA1  
AURKB MSH2 イントロン5 BRCA2  
AXIN1 MYB イントロン14 CCND1  
AXL MYC イントロン1 CD274/PD-L1  
BAP1 NOTCH2 イントロン26 CDK4  
BARD1 NTRK1 イントロン8-11 CDKN2A  
BCL2 NTRK2 イントロン12 CHEK2  
BCL2L1 NUTM1 イントロン1 CREBBP  
BCL2L2 PDGFRA イントロン7,9,11 CRKL  
BCL6 RAF1 イントロン4-8 CTNNB1/b-catenin  
BCOR RARA イントロン2 CUL3  
BCORL1 RET イントロン7-11 DDR2  
BRAF ROS1 イントロン31-35 EGFR  
BRCA1 RSPO2 イントロン1 ENO1  
BRCA2 SDC4 イントロン2 EP300  
BRD4 SLC34A2 イントロン4 ERBB2/HER2  
BRIP1 TERC ノンコーディングRNA ERBB3  
BTG1 TERT プロモーター ERBB4  
BTG2 TMPRSS2 イントロン1-3 ESR1/ER  
BTK   EZH2  
C11orf30   FBXW7  
CALR   FGFR1  
CARD11   FGFR2  
CASP8   FGFR3  
CBFB   FGFR4  
CBL   FLT3  
CCND1   GNA11  
CCND2   GNAQ  
CCND3   GNAS  
CCNE1   HRAS  
CD22   IDH1  
CD274   IDH2  
CD70   IGF1R  
CD79A   IGF2  
CD79B   IL7R  
CDC73   JAK1  
CDH1   JAK2  
CDK12   JAK3  
CDK4   KDM6A/UTX  
CDK6   KEAP1  
CDK8   KIT  
CDKN1A   KRAS  
CDKN1B   MAP2K1/MEK1  
CDKN2A   MAP2K2/MEK2  
CDKN2B   MAP2K4  
CDKN2C   MAP3K1  
CEBPA   MAP3K4  
CHEK1   MDM2  
CHEK2   MDM4  
CIC   MET  
CREBBP   MLH1  
CRKL   MSH2  
CSF1R   MTOR  
CSF3R   MYC  
CTCF   MYCN  
CTNNA1   NF1  
CTNNB1   NFE2L2/Nrf2  
CUL3   NOTCH1  
CUL4A   NOTCH2  
CXCR4   NOTCH3  
CYP17A1   NRAS  
DAXX   NRG1  
DDR1   NT5C2  
DDR2   NTRK1  
DIS3   NTRK2  
DNMT3A   NTRK3  
DOT1L   PALB2  
EED   PBRM1  
EGFR   PDGFRA  
EP300   PDGFRB  
EPHA3   PIK3CA  
EPHB1   PIK3R1  
EPHB4   PIK3R2  
ERBB2   POLD1  
ERBB3   POLE  
ERBB4   PRKCI  
ERCC4   PTCH1  
ERG   PTEN  
ERRFI1   RAC1  
ESR1   RAC2  
EZH2   RAD51C  
FAM46C   RAF1/CRAF  
FANCA   RB1  
FANCC   RET  
FANCG   RHOA  
FANCL   ROS1  
FAS   SETBP1  
FBXW7   SETD2  
FGF10   SMAD4  
FGF12   SMARCA4/BRG1  
FGF14   SMARCB1  
FGF19   SMO  
FGF23   STAT3  
FGF3   STK11/LKB1  
FGF4   TP53  
FGF6   TSC1  
FGFR1   VHL  
FGFR2      
FGFR3      
FGFR4      
FH      
FLCN      
FLT1      
FLT3      
FOXL2      
FUBP1      
GABRA6      
GATA3      
GATA4      
GATA6      
GID4(C17orf39)      
GNA11      
GNA13      
GNAQ      
GNAS      
GRM3      
GSK3B      
H3F3A      
HDAC1      
HGF      
HNF1A      
HRAS      
HSD3B1      
ID3      
IDH1      
IDH2      
IGF1R      
IKBKE      
IKZF1      
INPP4B      
IRF2      
IRF4      
IRS2      
JAK1      
JAK2      
JAK3      
JUN      
KDM5A      
KDM5C      
KDM6A      
KDR      
KEAP1      
KEL      
KIT      
KLHL6      
KMT2A(MLL)      
KMT2D(MLL2)      
KRAS      
LTK      
LYN      
MAF      
MAP2K1      
MAP2K2      
MAP2K4      
MAP3K1      
MAP3K13      
MAPK1      
MCL1      
MDM2      
MDM4      
MED12      
MEF2B      
MEN1      
MERTK      
MET      
MITF      
MKNK1      
MLH1      
MPL      
MRE11A      
MSH2      
MSH3      
MSH6      
MST1R      
MTAP      
MTOR      
MUTYH      
MYC      
MYCL      
MYCN      
MYD88      
NBN      
NF1      
NF2      
NFE2L2      
NFKBIA      
NKX2-1      
NOTCH1      
NOTCH2      
NOTCH3      
NPM1      
NRAS      
NT5C2      
NTRK1      
NTRK2      
NTRK3      
P2RY8      
PALB2      
PARK2      
PARP1      
PARP2      
PARP3      
PAX5      
PBRM1      
PDCD1      
PDCD1L      
G2      
PDGFRA      
PDGFRB      
PDK1      
PIK3C2B      
PIK3C2G      
PIK3CA      
PIK3CB      
PIK3R1      
PIM1      
PMS2      
POLD1      
POLE      
PPARG      
PPP2R1A      
PPP2R2A      
PRDM1      
PRKAR1A      
PRKCI      
PTCH1      
PTEN      
PTPN11      
PTPRO      
QKI      
RAC1      
RAD21      
RAD51      
RAD51B      
RAD51C      
RAD51D      
RAD52      
RAD54L      
RAF1      
RARA      
RB1      
RBM10      
REL      
RET      
RICTOR      
RNF43      
ROS1      
RPTOR      
SDHA      
SDHB      
SDHC      
SDHD      
SETD2      
SF3B1      
SGK1      
SMAD2      
SMAD4      
SMARCA4      
SMARCB1      
SMO      
SNCAIP      
SOCS1      
SOX2      
SOX9      
SPEN      
SPOP      
SRC      
STAG2      
STAT3      
STK11      
SUFU      
SYK      
TBX3      
TEK      
TET2      
TGFBR2      
TIPARP      
TNFAIP3      
TNFRSF14      
TP53      
TSC1      
TSC2      
TYRO3      
U2AF1      
VEGFA      
VHL      
WHSC1      
WHSC1L1      
WT1      
XPO1      
XRCC2      
ZNF217      
ZNF703      

引用は、FoundationONEはhttps://chugai-pharm.jp/pr/npr/f1t/prd/gene/

NCCオンコパネルはhttp://www.info.pmda.go.jp/downfiles/md/PDF/480585/480585_23000BZX00398000_A_01_01.pdf

になります。

ちなみにCOIはありません。

ポスドクサラリーマンが美肌を目指す③ ~皮膚と脂質・ビタミン栄養~

前回は美肌のためにアミノ酸栄養のバランスが必要だと説明しました。

今回はアミノ酸以外の脂質、ビタミン、ミネラルについて美肌に必要な栄養を説明します。

 

脂質

食事中の脂質の量は、皮膚を構成するコラーゲン、ヒアルロン酸セラミドの量に非常に大きな影響を与えています。

(それぞれの皮膚における役割は、ポスドクサラリーマンが美肌を目指す①をみてください。)

脂質摂取量が増加すると、皮膚TGF-β1という遺伝子の発現量が減少し、コラーゲンやヒアルロン酸量を減少させます。

一方、α-リノレン酸は必須脂肪酸であり、この欠乏は、成長阻害、皮膚の乾燥、発疹また炎症反応の障害を引き起こします。

結論としては、脂質は取りすぎず、α-リノレン酸は必ずとることが美肌に必要となります。

しかしα-リノレン酸は十分な科学的根拠がないため、推奨する摂取量は設定されていないようです。

 

ビタミン

⑴ビタミンA

ビタミンAの欠乏は、皮膚の乾燥、シワの増加を引き起こします。ビタミンAの1つであるレチノイン酸は、ニキビ治療、光老化の改善、すなわちシワを改善します。

また表皮において、ヒアルロン酸量の促進や、メラニン合成を阻害します。

 

ナイアシン

細胞レベルで、ナイアシンは、セラミド合成を増加させ、肌の水分の蒸散を抑制し、表皮のバリア機能を改善させます。

 

⑶ビタミンC

ビタミンCの欠乏は、コラーゲン合成やプロテオグリカン合成を減少させます。よってビタミンC欠乏は、皮膚において創傷治癒の知見を招きます。

 

⑷ビタミンB12

ビタミンB12欠乏により、メラニン合成による皮膚のメラニン沈着が認めれれるようになります。

 

今回のまとめです。

脂肪の多い食事は避ける、しかしα‐リノレン酸は摂取!

ビタミンA、ナイアシンビタミンB12を摂取!!

 

次回は応用編です。

ポスドクサラリーマンが美肌を目指す②、③」で紹介した美肌に必要な各種栄養素を含んだ食品を紹介したいと思います!!!